Cuando elegimos como codecs predeterminados al ffdshow estos son los que toman la batuta como se diría, y el ffdshow como el ac3filter no remuestrean los 24 bits, ademas ten en cuenta que el ffdshow esta en constante actualización y que hace pocos meses no tenia soporte para audio HD (Dobly TruHD, DTS HD) cosa que ahora si, quizás de acá a unos meses nos ofrezcan 24/96 para mas informacion:
http://forum.doom9.org/showthread.php?t=151151