Hola, como siempre me gusta tener en mi pc todo en orden y eso incluye a la lista de inicio del msconfig. Como ven al desmarcar los programas las entradas aun se quedan ahi asi que para borrarlas hay que hacer lo siguiente:
Abren el editor de registro (regedit.exe) Inicio--> Ejecutar--> regedit.exe
Y luego buscan las siguientes claves:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Shared Tools\MSConfig\startupreg]
y
[HKEY_LOCAL_MACHINE\Sofware\Microsoft\Shared Tools\MSConfig\startupfolder]
Las borran y luego cuando vuelven a iniciar el msconfig veran que ya no estan :D .