Hola, como siempre me gusta tener en mi pc todo en orden y eso incluye a la lista de inicio del msconfig. Como ven al desmarcar los programas las entradas aun se quedan ahi asi que para borrarlas hay que hacer lo siguiente:

Abren el editor de registro (regedit.exe) Inicio--> Ejecutar--> regedit.exe

Y luego buscan las siguientes claves:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Shared Tools\MSConfig\startupreg]

y

[HKEY_LOCAL_MACHINE\Sofware\Microsoft\Shared Tools\MSConfig\startupfolder]

Las borran y luego cuando vuelven a iniciar el msconfig veran que ya no estan :D .