Como sabes que estaba con los otros cuando estallo? Nunca se le vio a Ben despues de que Sayid le disparo y los otros se lo llevaron. Solo sabemos que los otros lo curaron y que despues de eso Ben nunca volveria a ser la misma persona. Solo podemos asumir que lo metieron a la fuente en el templo y fue curado "instantaneamente".
Desde ese momento hasta que parte el submarino, no sabemos cuanto tiempo paso, ni si Ben regreso o no al campamento Dharma.
Tampoco sabemos si la bomba hundio la isla o no. Una bomba no hunde islas, asi que debe haber una razon "mistica" que explique como asi la isla se hundio. Y esto incluso pudo ser posterior a la bomba. Asumiendo que la bomba no hundio la isla, ni que mato a todos en la isla, Ben muy bien pudo salir de la isla años despues de la explosion.
Lo que falta es que nos muestren lo que paso desde el 77 a la actualidad en la segunda linea del tiempo. Conociendo a los guinistas de Lost, esto es algo que de hecho van a hacer en algun momento. Por el momento se estan divirtiendo mostrandonos vistazos de lo que "hubiese" sido las vidas de los Losties si el vuelo de Oceanic no se estrellaba en la isla. Claro, no exactamente eso, sino con N alteraciones para hacer todo mas intrigante.