No es que se borre, lo que sucede es que la configuracion que hagas con UNA cuenta es propia de esta, es decir que si el usuario "dotero1" entra y modifica las opciones de lanzamiento (abrir consola, cambiar puerto, etc) solo se mantendra para su cuenta en dicho ordenador. En caso entrara "dotero2" obviamente no encontrara estas modificaciones y tendra que ingresarlo tambien.
Es por eso que no queda "grabado" en el juego la modificacion del puerto.