Entre esas dos opciones, pues sin dudas un Athlon 64 3000+ 939 por N motivos.

Sin embargo, como quieres utilizar una tarjeta de video AGP, cambia un poco las cosas.

Uno de los motivos por los cuales esa 939 es mejor es porque te permite hacerle un upgrade de procesador en cualquier momento.

Pero si utilizas una mainboard AGP entonces de todas maneras tendras que cambiar de mainboard al siguiente upgrade ya que no tendra sentido cambiar un procesador 3000+ sin cambiar la tarjeta de video.

Con lo cual la ventaja del socket 939 desaparece. A menos que tu siguiente upgrade sea mainboard 939 + video PCI-Ex y mantener ese CPU 939.

Los AM2 aun no son un standard aun y no tienen muchas mejoras hasta el momento en comparacion al 939 (dependiendo el review que mires, son incluso mas lentas que las 939).