Bueno comparando la configuracion que tengo ahora con mi antigua 8800GS que no tenia control de velocidad, en las noches no podia dejar la pc prendida porque el ruido era muy molesto.
Ahora tengo la video trabajando con el cooler a 30% y ni se siente, cuando pongo el cooler a 100% ni te cuento, parece que estuviera aspirando la jato). Apostaria a que tu 8800GTX actua de la misma manera.
Cuando armas una configuracion lo mejor es comprar coolers que tengan alimentacion directa de la placa, no molex. Tambien es recomendable fijarse que la tarjeta de video tenga el tercer y hasta cuarto cable en el cooler que es el que te da la informacion del sensor de revoluciones y el control de velocidad.