El fan frontal ayuda a enfriar los HDs. Lo cual es importante si tienes varios HDs. Tengo 3 HDs casi pegados y he notado que mi HD (WD Raptor 360 10krpm) llega a 40 grados si tengo el ventilador apagado lo cual no es muy optimo. Con el ventilador al minimo colocado detras de los HDs, la temp baja a 34 aprox. (aunque mi HD esta en un chamber aparte asi que no afecta al resto de la PC)
Orificios en la parte lateral aumentara el ruido que se escapa de la PC sobretodo si tienes tu PC a tu derecha. Y aunque muchos cases tienen estas toberas en la parte lateral, no es el 99%. Personalmente prefiero que no tengan, ya que me gusta el silencio.
Todo depende de los gustos y que es lo que buscas o a que le das prioridad, refrigeracion, silencio, luces (look). No siempre se puede tener todo pero al fin y al cabo para eso se hace modding.