CGI-BIN es un directorio clasico en los Webservers Unix donde van los CGIs o programas que se ejecutan desde el web. En el caso de Windows deberias entender a los CGIs como archivos ejecutables. En teoria podrias ponerlos en cualquier directorio. En Unix no es asi por seguridad ya que se restringe a que solo ese directorio permita la ejecucion de binarios desde el web.