La diferencia es en la velocidad del juego, obviamente en una PC los tiempos de respuesta son distintos ya que los specs de un PS3 son limitados mientras que en una PC son muy superiores. Cosas varian desde cuando apretar para cabecear exactamente o cuando para quitar con barrida. Tambien hay cambios en los jugadores. Ejemplo: Ozil de PS3 es mucho mas lento y torpe que el de PC.
Las bases del juego no cambian para nada, el acomodarte para patear o el posicionamiento para los pases permanecen igual, pero en PC son mas precisos.

Son cosas que te recomiendo las pruebes y te iras dando cuenta :D