Generalmente los que hacen mas ruido son los ventiladores mas pequeños y obviamente de su mayor velocidad de rotacion.

Si quieres saber de una forma rapida aunque un poco "incomoda" es abrir tu case y con la computadora funcionando detener uno por uno los ventiladores con ayuda de algun objeto no muy rigido (por ejemplo un carton) por espacio de unos segundos lo suficiente como para darte cuenta de cuál de ellos es el mas ruidoso.

PD: Tambien ayudara a que haga menos ruido si los limpias de polvo en el caso de que se haya acumulado.

Saludos