Y te sigues equivocando, un MALWARE por supuesto que puede infectar cualquier carpeta NTFS, basta que incorpore un script que modifique los permisos de acceso a la carpeta, y digo MALWARE por la acción de modificar la estructura de una carpeta está relacionado sobretodo con un TROJAN HORSE más que de un VIRUS.
Te recomiendo que investigues más sobre los Virus y Troyanos, no solo lo básico, los scripts para modificar permisos existen desde que naciste, un ejemplo para tu libro:
http://forums.microsoft.com/TechNet-...6876&SiteID=30